პარლამენტთან და პრეზიდენტთან ურთიერთობის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:
· საქართველოს მთავრობის საპარლამენტო მდივნისათვის „საპარლამენტო მდივნის შესახებ" საქართველოს კანონით განსაზღვრული უფლებამოსილებების განხორციელების ხელშეწყობა;
· კომპეტენციის ფარგლებში, საერთაშორისო ხელშეკრულებების დადებასთან დაკავშირებული ღონისძიებების გატარება, საქართველოს პრეზიდენტთან ურთიერთობა და სამართლებრივი აქტების პროექტების ევროკავშირის კანონმდებლობასთან შესაბამისობის განსაზღვრა;
· საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრული სხვა უფლებამოსილებების, აგრეთვე საქართველოს პრემიერ-მინისტრისა და საქართველოს მთავრობის ადმინისტრაციის უფროსის ცალკეულ დავალებათა შესრულება;