ადამიანის უფლებათა დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:
· კომპეტენციის ფარგლებში, ადამიანის უფლებებისა და ძირითადი თავისუფლებების სფეროში ქვეყანაში არსებული მდგომარეობის ანალიზი და მონიტორინგი;
· ადამიანის უფლებებზე დაფუძნებული მიდგომის პრინციპის დანერგვა პოლიტიკის შემუშავების პროცესში;
· ადამიანის უფლებებთან დაკავშირებული პოლიტიკის დოკუმენტების შემუშავების, შესრულების ხელშეწყობისა და შესრულების შეფასების პროცესში სამოქალაქო საზოგადოების აქტიური მონაწილეობის უზრუნველყოფა;
· ადამიანის უფლებათა დაცვის საერთაშორისო ორგანიზაციების მიერ საქართველოს მიმართ მიღებული რეკომენდაციებისა და შეფასებების ანალიზი და პოლიტიკის დოკუმენტებში მათი ჯეროვანი ასახვის უზრუნველყოფა;
· კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოში აკრედიტებულ დიპლომატიურ წარმომადგენლობებთან, საერთაშორისო ან/და დონორ ორგანიზაციებთან, ასევე უცხო ქვეყნის სახელმწიფო დაწესებულებებთან თანამშრომლობა;
· საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრული სხვა უფლებამოსილებების, აგრეთვე საქართველოს პრემიერ-მინისტრისა და საქართველოს მთავრობის ადმინისტრაციის უფროსის ცალკეულ დავალებათა შესრულება;